Table 3

The pathogenicity classifications of MEFV, MVK, NLRP3 and TNFRSF1A gene variants

GenesVariantsClassificationTotal variants with classificationClassification validatedClassification provisionalClassification unsolved
NN (%)N (%)N (%)N (%)
MEFV 316 Pathogenic5 (1.6)5 (1.6)
Likely pathogenic48 (30.4)23 (7.3)25 (7.9)
VOUS96 (30.4)52 (16.5)44 (13.9)
Likely benign120 (38.0)86 (27.2)34 (10.8)
Benign10 (3.2)10 (3.2)
Unsolved37 (12.0)
279 (88.3) 176 (55.7) 103 (32.6) 37 (12.0)
MVK 201 Pathogenic51 (25.4)51
Likely pathogenic81 (40.3)69 (34.3)12 (6.0)
VOUS21 (10.4)14 (7.0)7 (3.5)
Likely benign32 (15.9)30 (14.9)2 (1.0)
Benign4 (2.0)4 (2.0)
Unsolved12 (6.0)
189 (94.0) 168 (83.6) 21 (10.4) 12 (6.0)
NLRP3 194 Pathogenic19 (9.8)19 (9.8)
Likely pathogenic77 (39.7)61 (31.4)16 (8.2)
VOUS39 (20.1)32 (16.5)7 (3.6)
Likely benign36 (18.6)35 (18.0)1 (0.5)
Benign17 (8.8)16 (8.2)1 (0.5)
Unsolved6 (3.0)
188 (96.9) 163 (84.0) 25 (12.9) 6 (3.0)
TNFRSF1A 147Pathogenic44 (29.9)44 (29.9)
Likely pathogenic54 (36.7)38 (25.9)16 (10.9)
VOUS14 (9.5)9 (6.1)5 (3.4)
Likely benign34 (23.1)33 (22.4)1 (0.7)
Benign1 (0.7)1 (0.7)
Unsolved0 (0.0)
147 (100.0) 125 (85.0) 22 (15.0) 0 (0.0)
All genes 858Pathogenic119 (13.9)119 (13.9)0 (0.0)
Likely pathogenic260 (30.3)191 (22.3)69 (8.0)
CVOUS170 (19.8)107 (12.5)63 (7.3)
Likely benign222 (25.9)184 (21.4)38 (4.4)
Benign32 (3.7)31 (3.6)1 (0.1)
Unsolved55 (6.4)
803 (93.6) 632 (73.7) 171 (19.9) 55 (6.4)
  • VOUS, variant of uncertain significance.