PT - JOURNAL ARTICLE AU - Melissa C Southey AU - David E Goldgar AU - Robert Winqvist AU - Katri Pylkäs AU - Fergus Couch AU - Marc Tischkowitz AU - William D Foulkes AU - Joe Dennis AU - Kyriaki Michailidou AU - Elizabeth J van Rensburg AU - Tuomas Heikkinen AU - Heli Nevanlinna AU - John L Hopper AU - Thilo Dörk AU - Kathleen BM Claes AU - Jorge Reis-Filho AU - Zhi Ling Teo AU - Paolo Radice AU - Irene Catucci AU - Paolo Peterlongo AU - Helen Tsimiklis AU - Fabrice A Odefrey AU - James G Dowty AU - Marjanka K Schmidt AU - Annegien Broeks AU - Frans B Hogervorst AU - Senno Verhoef AU - Jane Carpenter AU - Christine Clarke AU - Rodney J Scott AU - Peter A Fasching AU - Lothar Haeberle AU - Arif B Ekici AU - Matthias W Beckmann AU - Julian Peto AU - Isabel dos-Santos-Silva AU - Olivia Fletcher AU - Nichola Johnson AU - Manjeet K Bolla AU - Elinor J Sawyer AU - Ian Tomlinson AU - Michael J Kerin AU - Nicola Miller AU - Federik Marme AU - Barbara Burwinkel AU - Rongxi Yang AU - Pascal Guénel AU - Thérèse Truong AU - Florence Menegaux AU - Marie Sanchez AU - Stig Bojesen AU - Sune F Nielsen AU - Henrik Flyger AU - Javier Benitez AU - M Pilar Zamora AU - Jose Ignacio Arias Perez AU - Primitiva Menéndez AU - Hoda Anton-Culver AU - Susan Neuhausen AU - Argyrios Ziogas AU - Christina A Clarke AU - Hermann Brenner AU - Volker Arndt AU - Christa Stegmaier AU - Hiltrud Brauch AU - Thomas Brüning AU - Yon-Dschun Ko AU - Taru A Muranen AU - Kristiina Aittomäki AU - Carl Blomqvist AU - Natalia V Bogdanova AU - Natalia N Antonenkova AU - Annika Lindblom AU - Sara Margolin AU - Arto Mannermaa AU - Vesa Kataja AU - Veli-Matti Kosma AU - Jaana M Hartikainen AU - Amanda B Spurdle AU - kConFab Investigators AU - Australian Ovarian Cancer Study Group AU - Els Wauters AU - Dominiek Smeets AU - Benoit Beuselinck AU - Giuseppe Floris AU - Jenny Chang-Claude AU - Anja Rudolph AU - Petra Seibold AU - Dieter Flesch-Janys AU - Janet E Olson AU - Celine Vachon AU - Vernon S Pankratz AU - Catriona McLean AU - Christopher A Haiman AU - Brian E Henderson AU - Fredrick Schumacher AU - Loic Le Marchand AU - Vessela Kristensen AU - Grethe Grenaker Alnæs AU - Wei Zheng AU - David J Hunter AU - Sara Lindstrom AU - Susan E Hankinson AU - Peter Kraft AU - Irene Andrulis AU - Julia A Knight AU - Gord Glendon AU - Anna Marie Mulligan AU - Arja Jukkola-Vuorinen AU - Mervi Grip AU - Saila Kauppila AU - Peter Devilee AU - Robert A E M Tollenaar AU - Caroline Seynaeve AU - Antoinette Hollestelle AU - Montserrat Garcia-Closas AU - Jonine Figueroa AU - Stephen J Chanock AU - Jolanta Lissowska AU - Kamila Czene AU - Hatef Darabi AU - Mikael Eriksson AU - Diana M Eccles AU - Sajjad Rafiq AU - William J Tapper AU - Sue M Gerty AU - Maartje J Hooning AU - John W M Martens AU - J Margriet Collée AU - Madeleine Tilanus-Linthorst AU - Per Hall AU - Jingmei Li AU - Judith S Brand AU - Keith Humphreys AU - Angela Cox AU - Malcolm W R Reed AU - Craig Luccarini AU - Caroline Baynes AU - Alison M Dunning AU - Ute Hamann AU - Diana Torres AU - Hans Ulrich Ulmer AU - Thomas Rüdiger AU - Anna Jakubowska AU - Jan Lubinski AU - Katarzyna Jaworska AU - Katarzyna Durda AU - Susan Slager AU - Amanda E Toland AU - Christine B Ambrosone AU - Drakoulis Yannoukakos AU - Anthony Swerdlow AU - Alan Ashworth AU - Nick Orr AU - Michael Jones AU - Anna González-Neira AU - Guillermo Pita AU - M Rosario Alonso AU - Nuria Álvarez AU - Daniel Herrero AU - Daniel C Tessier AU - Daniel Vincent AU - Francois Bacot AU - Jacques Simard AU - Martine Dumont AU - Penny Soucy AU - Rosalind Eeles AU - Kenneth Muir AU - Fredrik Wiklund AU - Henrik Gronberg AU - Johanna Schleutker AU - Børge G Nordestgaard AU - Maren Weischer AU - Ruth C Travis AU - David Neal AU - Jenny L Donovan AU - Freddie C Hamdy AU - Kay-Tee Khaw AU - Janet L Stanford AU - William J Blot AU - Stephen Thibodeau AU - Daniel J Schaid AU - Joseph L Kelley AU - Christiane Maier AU - Adam S Kibel AU - Cezary Cybulski AU - Lisa Cannon-Albright AU - Katja Butterbach AU - Jong Park AU - Radka Kaneva AU - Jyotsna Batra AU - Manuel R Teixeira AU - Zsofia Kote-Jarai AU - Ali Amin Al Olama AU - Sara Benlloch AU - Stefan P Renner AU - Arndt Hartmann AU - Alexander Hein AU - Matthias Ruebner AU - Diether Lambrechts AU - Els Van Nieuwenhuysen AU - Ignace Vergote AU - Sandrina Lambretchs AU - Jennifer A Doherty AU - Mary Anne Rossing AU - Stefan Nickels AU - Ursula Eilber AU - Shan Wang-Gohrke AU - Kunle Odunsi AU - Lara E Sucheston-Campbell AU - Grace Friel AU - Galina Lurie AU - Jeffrey L Killeen AU - Lynne R Wilkens AU - Marc T Goodman AU - Ingo Runnebaum AU - Peter A Hillemanns AU - Liisa M Pelttari AU - Ralf Butzow AU - Francesmary Modugno AU - Robert P Edwards AU - Roberta B Ness AU - Kirsten B Moysich AU - Andreas du Bois AU - Florian Heitz AU - Philipp Harter AU - Stefan Kommoss AU - Beth Y Karlan AU - Christine Walsh AU - Jenny Lester AU - Allan Jensen AU - Susanne Krüger Kjaer AU - Estrid Høgdall AU - Bernard Peissel AU - Bernardo Bonanni AU - Loris Bernard AU - Ellen L Goode AU - Brooke L Fridley AU - Robert A Vierkant AU - Julie M Cunningham AU - Melissa C Larson AU - Zachary C Fogarty AU - Kimberly R Kalli AU - Dong Liang AU - Karen H Lu AU - Michelle A T Hildebrandt AU - Xifeng Wu AU - Douglas A Levine AU - Fanny Dao AU - Maria Bisogna AU - Andrew Berchuck AU - Edwin S Iversen AU - Jeffrey R Marks AU - Lucy Akushevich AU - Daniel W Cramer AU - Joellen Schildkraut AU - Kathryn L Terry AU - Elizabeth M Poole AU - Meir Stampfer AU - Shelley S Tworoger AU - Elisa V Bandera AU - Irene Orlow AU - Sara H Olson AU - Line Bjorge AU - Helga B Salvesen AU - Anne M van Altena AU - Katja K H Aben AU - Lambertus A Kiemeney AU - Leon F A G Massuger AU - Tanja Pejovic AU - Yukie Bean AU - Angela Brooks-Wilson AU - Linda E Kelemen AU - Linda S Cook AU - Nhu D Le AU - Bohdan Górski AU - Jacek Gronwald AU - Janusz Menkiszak AU - Claus K Høgdall AU - Lene Lundvall AU - Lotte Nedergaard AU - Svend Aage Engelholm AU - Ed Dicks AU - Jonathan Tyrer AU - Ian Campbell AU - Iain McNeish AU - James Paul AU - Nadeem Siddiqui AU - Rosalind Glasspool AU - Alice S Whittemore AU - Joseph H Rothstein AU - Valerie McGuire AU - Weiva Sieh AU - Hui Cai AU - Xiao-Ou Shu AU - Rachel T Teten AU - Rebecca Sutphen AU - John R McLaughlin AU - Steven A Narod AU - Catherine M Phelan AU - Alvaro N Monteiro AU - David Fenstermacher AU - Hui-Yi Lin AU - Jennifer B Permuth AU - Thomas A Sellers AU - Y Ann Chen AU - Ya-Yu Tsai AU - Zhihua Chen AU - Aleksandra Gentry-Maharaj AU - Simon A Gayther AU - Susan J Ramus AU - Usha Menon AU - Anna H Wu AU - Celeste L Pearce AU - David Van Den Berg AU - Malcolm C Pike AU - Agnieszka Dansonka-Mieszkowska AU - Joanna Plisiecka-Halasa AU - Joanna Moes-Sosnowska AU - Jolanta Kupryjanczyk AU - Paul DP Pharoah AU - Honglin Song AU - Ingrid Winship AU - Georgia Chenevix-Trench AU - Graham G Giles AU - Sean V Tavtigian AU - Doug F Easton AU - Roger L Milne TI - <em>PALB2</em>, <em>CHEK2</em> and <em>ATM</em> rare variants and cancer risk: data from COGS AID - 10.1136/jmedgenet-2016-103839 DP - 2016 Dec 01 TA - Journal of Medical Genetics PG - 800--811 VI - 53 IP - 12 4099 - http://jmg.bmj.com/content/53/12/800.short 4100 - http://jmg.bmj.com/content/53/12/800.full SO - J Med Genet2016 Dec 01; 53 AB - Background The rarity of mutations in PALB2, CHEK2 and ATM make it difficult to estimate precisely associated cancer risks. Population-based family studies have provided evidence that at least some of these mutations are associated with breast cancer risk as high as those associated with rare BRCA2 mutations. We aimed to estimate the relative risks associated with specific rare variants in PALB2, CHEK2 and ATM via a multicentre case-control study.Methods We genotyped 10 rare mutations using the custom iCOGS array: PALB2 c.1592delT, c.2816T&gt;G and c.3113G&gt;A, CHEK2 c.349A&gt;G, c.538C&gt;T, c.715G&gt;A, c.1036C&gt;T, c.1312G&gt;T, and c.1343T&gt;G and ATM c.7271T&gt;G. We assessed associations with breast cancer risk (42 671 cases and 42 164 controls), as well as prostate (22 301 cases and 22 320 controls) and ovarian (14 542 cases and 23 491 controls) cancer risk, for each variant.Results For European women, strong evidence of association with breast cancer risk was observed for PALB2 c.1592delT OR 3.44 (95% CI 1.39 to 8.52, p=7.1×10−5), PALB2 c.3113G&gt;A OR 4.21 (95% CI 1.84 to 9.60, p=6.9×10−8) and ATM c.7271T&gt;G OR 11.0 (95% CI 1.42 to 85.7, p=0.0012). We also found evidence of association with breast cancer risk for three variants in CHEK2, c.349A&gt;G OR 2.26 (95% CI 1.29 to 3.95), c.1036C&gt;T OR 5.06 (95% CI 1.09 to 23.5) and c.538C&gt;T OR 1.33 (95% CI 1.05 to 1.67) (p≤0.017). Evidence for prostate cancer risk was observed for CHEK2 c.1343T&gt;G OR 3.03 (95% CI 1.53 to 6.03, p=0.0006) for African men and CHEK2 c.1312G&gt;T OR 2.21 (95% CI 1.06 to 4.63, p=0.030) for European men. No evidence of association with ovarian cancer was found for any of these variants.Conclusions This report adds to accumulating evidence that at least some variants in these genes are associated with an increased risk of breast cancer that is clinically important.