Table 3
QMPSF scanning of the 5′ MSH2 region in HNPCC families with exonic deletions removing exon 1
| Family | Exonic rearrangement | QMPSF amplicons* | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| −39258 | −34123 | −23323 | −9381 | −5112 | −4244† | −3591† | −1714† | +200‡ | ||
| −39107 | −33918 | −23186 | −9243 | −4942 | −4084 | −3387 | −1494 | 327 | ||
| *Numbered from the MSH2 transcription initiation site (- 68 bp from the ATG) according to the chromosome 2. | ||||||||||
| †These amplicons correspond to the MSH2 promoter defined by Iwahashi, et al (1998). | ||||||||||
| ‡Amplicon corresponding to exon 1. | ||||||||||
| §Non-deleted. | ||||||||||
| ¶Deleted. | ||||||||||
| Working draft sequence (contig NT_034483). Primers and QMPSF conditions are available upon request. | ||||||||||
| R2 | del exon 1 | +§ | del¶ | del | ||||||
| L7 | del exons 1–4 | + | del | del | ||||||
| R18 | del exons 1–6 | + | del | del | ||||||
| U1 | del exons 1–6 | + | del | del | ||||||
| R14 | del exons 1–6 | + | del | del | del | |||||
| U2 | del exons 1–6 | + | del | del | / | del | ||||
| R1 | del exon 1 | + | del | del | del | del | del | del | ||
| P15 | del exons 1–2 | + | del | del | / | del | del | del | ||
| R9 | del exons 1–7 | + | del | del | del | del | del | del | ||
| R11 | del exons 1–8 | + | del | del | del | del | del | del | ||
| U3 | del exons 1–11 | + | del | del | / | del | / | del | ||
| R12 | del exons 1–2 | + | del | del | del | / | del | del | del | |
| R13 | del exons 1–2 | + | del | / | del | / | del | / | del | |
| S2 | del exons 1–7 | + | del | del | / | del | / | del | / | del |
| R10 | del exons 1–8 | + | del | del | del | del | del | del | del | del |
| Li8 | del exons 1–6 | del | del | del | del | del | del | del | del | del |
| S1 | del exons 1–6 | del | / | del | / | del | / | del | / | del |
| Lu1 | del exons 1–7 | del | / | del | / | del | / | del | / | del |
| Lu2 | del exons 1–7 | del | / | del | / | del | / | del | / | del |
| S3 | del exons 1–8 | del | / | del | / | del | / | del | / | del |
| S4 | del exons 1–8 | del | / | del | / | del | / | del | / | del |
| P12 | del exons 1–15 | del | del | del | del | del | del | del | del | del |
